Cơ quan Kiểm toán Tối cao (Nejvyšší kontrolní úřad, NKÚ) kết luận nguồn gần 19 tỷ korun do Bộ Y tế (Ministerstvo zdravotnictví, MZČR) và Bộ Phát triển Địa phương (Ministerstvo pro místní rozvoj, MMR) cấp cho bệnh viện từ Liên minh châu Âu chỉ đóng góp hạn chế cho mục tiêu tăng cường khả năng chống chịu và sẵn sàng trước rủi ro. Một phần kinh phí được chi thiếu mục tiêu và kém hiệu quả: có nơi mua thiết bị không thật sự cần hoặc thiếu nhân lực đủ trình độ để vận hành nên hầu như không sử dụng. NKÚ kiểm tra hai bộ và một số bệnh viện được chọn.

Nguồn này đến từ công cụ đầu tư REACT‑EU trong giai đoạn 2020–2023 nhằm phục hồi sau đại dịch Covid‑19. Do yêu cầu giải ngân trong chưa đầy ba năm và mức tài trợ 100%, các bộ ưu tiên mua sắm thiết bị và trang bị trước các đầu tư có thể tạo chuyển biến chất lượng trong xử lý tình huống khẩn cấp. NKÚ cho rằng các bộ thậm chí không kiểm tra đầy đủ tính cần thiết của thiết bị được hỗ trợ.

NKÚ nêu ví dụ một số bệnh viện mua thiết bị làm dự phòng. Thành viên NKÚ Roman Sklenák nhận định đây là cơ hội chưa được tận dụng để nâng cấp y tế. Cụ thể, các bệnh viện Rumburk, Litoměřice và Teplice thuộc Krajská zdravotní mua máy X‑quang C‑arm di động nhưng trong năm 2024 chỉ thực hiện 2–8 thủ thuật, trong khi mức trung bình năm trên thiết bị tương tự thường vượt 400. Một máy phổ quang học khác sau 21 tháng vẫn chưa vận hành chính thức. Tình trạng sử dụng kém hiệu quả xuất hiện ở tất cả cơ sở được kiểm tra.

MMR không đồng ý với kết luận này. Theo người phát ngôn Veronika Lukášová, mục tiêu là bảo đảm phản ứng linh hoạt trước đại dịch tương lai và khủng hoảng bất ngờ, điều không thể dự báo chính xác về loại chẩn đoán và trang thiết bị đi kèm. Vì vậy MZČR đã lập danh mục thiết bị cho phép mua từ hỗ trợ; tính cần thiết được cơ quan quản lý Chương trình IROP thẩm tra và với thiết bị trên 5 triệu korun còn có hội đồng thiết bị của MZČR xem xét.

MMR cho biết các trường hợp khai thác thấp mà NKÚ nêu là đơn lẻ, còn nhu cầu trang thiết bị không thể lượng hóa bằng chỉ số thống nhất. Bộ có dữ liệu chi tiết về mức sử dụng thông qua báo cáo thường niên của các đơn vị nhận hỗ trợ.

Các bộ cũng định hướng nguồn lực vào các đơn vị gắn với mạng lưới khoa cấp cứu. Tuy vậy, mạng lưới này chưa hoàn thiện tại thời điểm kiểm tra, nên có cơ sở chưa thực sự kết nối vẫn nhận hỗ trợ. NKÚ cảnh báo nếu hoàn thành sớm nhất vào năm 2029, nhiều thiết bị mua từ đợt hỗ trợ có thể đã lạc hậu về mặt kỹ thuật hoặc gần hết vòng đời.